为加强农业部重点实验室管理，提升科技创新能力，农业部分别于2015年和2016年分两批组织开展了全部农业部重点实验室（观测站）“十二五”建设运行评估工作。我院承担的5个农业部重点实验室和5个农业部科学观测实验站被列入评估范围。经过“自我评估”、“学科群内互评”、“抽查验证”等评估环节，农业部经《农业部办公厅关于2015年度农业部第一批重点实验室评估结果的通报》（农办科﹝2015﹞47号）和《农业部办公厅关于农业部重点实验室“十二五”建设运行评估结果的通报》（农办科﹝2016﹞28号）向全国公布了第一批和第二批学科群重点实验室（观测站）的评估结果，我院取得优异成绩。
　　在此次评估中，我院4个重点实验室（观测站）获评“优秀”，6个重点实验室（观测站）获评“良好”。其中，我院“农业部南亚热带果树生物学与遗传资源利用重点实验室”、“农业部功能食品重点实验室”、“农业部农产品质量安全检测与评价重点实验室”、“农业部兽用药物与兽医生物技术广东科学观测试验站”获评“优秀”等级；我院“农业部华南动物营养与饲料重点实验室”、“农业部南方植物营养与肥料重点实验室”、“农业部华南花生与鲜食玉米科学观测实验站”、“农业部华南地区蔬菜科学观测实验站”、“农业部广州作物有害生物科学观测实验站”获评“良好”等级。