1、建立了完善的杂交水稻育种体系，提出了育种方法从三系法两系法一系法，优势水平从品种间亚种间远缘杂种优势利用的杂交水稻育种战略；阐明了育性转换与光温变化的关系；探明了不育系温敏感时期和敏感部位的不育系光温作用机制。2、提出了不育起点温度低于23.5℃的实用光温敏不育系关键技术指标选育理论，研创了不育起点温度低于23.5℃的实用光温敏不育系选育与鉴定技术。3、建立了形态改良、亚种间杂种优势及远缘有利基因利用相结合的两系法超级杂交稻育种技术路线。运用该育种技术，分别于2000、2004、2012年先后实现了我国超级稻育种计划亩产700公斤、800公斤、900公斤的三期育种目标，实现了超级杂交稻超高产、米质优、抗性强的有机结合。4、建立了两系杂交稻制种气象分析决策系统和高产制种技术体系，制订了制种技术规范，制种平均亩产可达210.6kg，比三系法增产16.5%。5、研创了低纬度海南冬繁、常温加冷水灌溉夏秋两季繁殖、高海拔自然低温夏繁等3套两系不育系高产稳产繁殖技术体系，繁殖平均亩产可达386.5kg，比三系法增产153.4%，成本减少了50%，解决了不育系繁殖困难的难题。6、阐明了光温敏不育起点温度遗传漂变的机理，创新了光温敏不育系核心种子和原种生产程序，有效防止了不育系育性起点温度的漂变，保证了制种的安全性。7、突破了两系杂交粳稻育种与种子生产技术瓶颈，促进了杂交粳稻的发展。目前，两系法杂交水稻推广区域遍布全国16个省，有20个两系杂交稻被农业部确认为超级稻主推品种。2005-2012年，两系法杂交稻连续8年蝉联杂交稻品种年推广面积第一，近3年，全国推广面积前3名的杂交稻均为两系杂交稻。安徽、湖南等省的两系法杂交稻种植面积超过了三系法。截止2012年，该项目组培育的两系法杂交稻已累计种植4.99亿亩，总产2358.2亿公斤，增产稻谷110.99亿公斤；总产值5777.59亿元，增收271.93亿元，为保障国家粮食安全提供新的科技途径。