近日，广东省农业科学院水稻所在国际学术期刊Theoretical and applied genetics（一区，IF=5.2）上发表题为“Genome-wide association mapping combined with gene-based haplotype analysis identify a novel gene for shoot length in rice (Oryza sativa L.)”的研究论文。水稻所杨梯丰研究员为论文第一作者、董景芳博士为论文共同第一作者，张少红研究员为通讯作者。

       秧苗活力强是直播水稻品种的一个重要育种目标。苗高是与秧苗活力相关的重要性状之一，因此，挖掘水稻苗高基因并进行分子育种有助于培育适宜直播的品种。然而，迄今为止，精细定位和克隆的苗高QTL很少。

       本研究利用391个水稻品系（来源于国际水稻多样性平台2）获得的苗高表型进行了全基因组关联分析，共鉴定出24个苗高的QTL。其中位于 1 号染色体上的新苗高QTL qSL-1f 可在全群体和籼稻亚群体中稳定检测到（图1）。通过基于基因为基础的单倍型分析，然后结合基因表达分析和基因敲除实验进行验证，确定LOC_Os01g68500为苗高QTL qSL-1f的功能基因（图2），其CDS区域存在单碱基变异，导致水稻苗高的显著差异。LOC_Os01g68500编码一个含有DUF538的蛋白。本研究首次报道了DUF538蛋白基因调控水稻苗高的功能，并为开展直播水稻的分子育种提供了新的基因资源。

       本研究得到了国家自然科学基金(32072047)，广州市科技计划重点项目 (201804020078)，广东省基础与应用基础研究基金(2022A1515012135)，广东省乡村振兴战略专项资金种业振兴项目(2022-NJS-00-004, 2022-NPY-00-005) 等的资助。

       原文链接：https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-023-04497-6

图1  苗高的全基因组关联分析

图2  LOC_Os01g68500突变体的苗高表型