近日，水稻所遗传资源研究团队在国际学术期刊Rice（中科院一区，IF: 5.638）发表题为“Genetic diversity and breeding signatures for regional indica rice improvement in Guangdong of southern China”的研究论文。该研究分析了广东籼稻农家品种和育成品种改良历程中的遗传多样性并鉴定了潜在受育种人工选择的产量、抽穗期、品质等性状的关键基因，为利用种质资源的分子设计育种体系构建和广东籼稻育种实践提供理论支持。于航博士为论文第一作者，李晨研究员为通讯作者。      

       广东是水稻“绿色革命”的先行地，在半矮秆籼稻品种改良和推广中，积累了丰富的水稻农家品种和育成品种种质资源，利用和开发这些资源是实现水稻产业下一次突破的关键。该研究利用广东籼稻核心种质开展基因组多样性和基因发掘工作，在517份稻种资源中鉴定得到4个亚群，包括3个广东籼稻亚群（2个农家品种和1个育成品种亚群），其中农家种亚群Ind IV为本研究新鉴定；研究发现，广东育成品种中基因组的潜在有害变异得到清除，尤其产量相关基因的有害变异减少明显，通过XP-CLR（跨群体复合似然比检验）和GWAS（全基因组关联分析）鉴定和注释了广东籼稻育成品种中受育种人工选择的基因组区段，且发现了在当代育成品种中固定的优势等位基因。

       该论文得到广东省重点领域研发计划、广东省种业振兴项目、广东省自然科学基金、广州市自然科学基金、广东省农科院协同创新中心等项目支持。

广东籼稻核心种质的群体结构和遗传多样性

（A）广东籼稻核心种质PCA分析，（B）广东籼稻亚群间LD衰减（linkage disequilibrium decay）比较，（C）广东籼稻亚群间遗传多样性（pi和Tajima’s D）和遗传分化（fst）分析，（D）广东籼稻亚群和普通野生稻系统发育分析推断亚群的演化关系。

原文链接：https://thericejournal.springeropen.com/articles/10.1186/s12284-023-00642-3