1月26日，水稻所分子育种团队在基因组学研究权威杂志Genome Biology（影响因子：17.9，中科院大区生物学一区）在线发表了题为 “A pangenome analysis pipeline provides insights into functional gene identification in rice” 的研究论文。水稻所为论文第一单位；水稻所王健博士为第一作者、杨武副研究员为共同第一作者、胡海飞博士和赵均良副研究员为通讯作者，澳大利亚莫道克大学李承道教授、西澳大学David Edwards教授为共同通讯作者。

使用单一参考基因组常会导致基因组分析出现严重的偏差，并导致大量群体尺度的遗传变异信息丢失等严重问题。泛基因组是解决此问题的有效方法。然而，目前线性泛基因组技术无法保存基因组结构变异的位置信息，严重制约了线性化泛基因组在基因组结构变异分析中的应用。

本研究创新性地提出一种可保留结构变异坐标信息的线性化泛基因组构建策略，开发出一套完整的泛基因组构建及下游分析流程（PSVCP)，突破了线性化泛基因组的技术瓶颈，为不同物种的泛基因组研究提供了全新的技术体系。本研究进一步利用PSVCP构建了新的水稻泛基因组，以此对国际稻种资源进行基因组分析，鉴定到大量常规SNP无法鉴定到的水稻群体结构、基因组演化及遗传信息，为推动水稻优异基因的高效挖掘与利用提供了技术支撑。

本研究得到广东省科技计划国际合作项目、广东省农业种业共性关键技术创新团队项目，广东农科院“金颖之星”项目，广东农科院水稻所“优谷”计划等项目资助。

图1 PSVCP构建泛基因组及结构变异分析流程示意图

图2 基于国际多样性水稻资源构建的水稻泛基因组特征及结构变异分布