始建于1950年，前身系广东省农业试验场的土壤肥料研究所。

1952年，广东省农业试验场，农业化学系

1956年成立华南农业科学研究所土壤肥料系

1960年5月，广东省农业科学院成立，下设七个研究所和四个专业研究所。广东省农业科学院土壤肥料研究所成立。

1968年，隶属广东省农业科学院革命委员会。

1972年，广东省农业科学院土壤肥料研究所恢复。

1999年6月，广东省农业科学院土壤肥料研究所由科研所转制为科技型企业。

2012年5月，广东省农业科学院土壤肥料研究所更名为广东省农业科学院农业资源与环境研究所，公益二类，正处级。

2017年，研究所迁址金颖路66号，开启新征程。

2020年，加挂“国家土壤质量广州观测实验站”牌子。