近日，作物所南药团队联合华南农业大学和水稻所等单位完成桃金娘染色体水平的无间隙T2T基因组组装，在卓越期刊Horticulture Research （中科院大类一区，IF=7.291）发表研究论文“Gap-free genome assembly and comparative analysis reveal the evolution and anthocyanin accumulation mechanism of Rhodomyrtus tomentosa ”。李方平博士、徐世强博士和肖梓桐为共同第一作者，王继华研究员为通讯作者。

近年来，南药团队致力于道地南药资源的保护和利用研究，并在作物所“悬赏制” 所长基金的支持下启动了“百种南药基因组计划”，先后完成巴戟天、穿心莲、梅片树、鸡骨草和越南叶下珠等多个道地南药的高质量基因组。利用PacBio和ONT长读测序技术完成了首例南药的T2T基因组。桃金娘（Rhodomyrtus tomentosa），为桃金娘科桃金娘属植物，也称为山稔子、金丝桃、和稔子树等，富含黄酮类物质，提取物具有抗菌、抗肿瘤、抗炎、抗氧化等多种药理作用。在岭南地区，其果可食用，全株入药，是极具地方特色的民族药用植物。

本研究中，首次报道了大小为470.35Mb、contig N50为~43.8Mb的桃金娘基因组，共包含11条假染色体。该基因组中共注释得到33382个编码基因和239.31Mb的重复序列。系统发育分析表明，桃金娘的独立进化始于14.37MYA，并与其他桃金娘科植物共享了近期WGD事件。初步鉴定了四种主要的花青素化合物及其合成途径。比较基因组和多组学联合分析表明，桃金娘果实中花青素合成通路的激活可能促进了花青素的积累和果实着色。其中，MYB转录因子的正选择和果实中的特异性表达是潜在的调控因素。同时，下游与花青素转运相关的OMT和GST基因的拷贝数也存在增加。本研究为进一步研究桃金娘科植物的起源和分化提供了高质量的参考基因组，并为桃金娘的综合开发利用奠定了基础。

本研究得到广东省农业科学院作物研究所“悬赏制”所长基金项目（0145）、广东省农业科学院高水平科技创新战略建设项目（R2019PY-JX003）的支持。

　原文链接： ‍https://doi.org/10.1093/hr/uhad005